Tahun 1979, Michael Corleone berusia 60 dan sudah lama bercerai dengan Kay. Anthony dan Mary, kedua anaknya, tinggal bersama Kay. Michael masih diliputi rasa berdosa karena pembunuhan Fredo dahulu dan lebih banyak terlibat dalam yayasan kemanusiaan dengan donasinya kepada gereja dimana dia diberikan penghargaan dari organisasi kepausan Vatikan.

Dalam pesta perayaan di rumahnya, Michael harus merelakan Anthony memilih jalan hidupnya sendiri sebagai penyanyi opera dan tidak menyelesaikan kuliah hukumnya untuk membantu bisnis ayahnya saat sudah lulus nanti. Selain itu, Michael juga harus berdiri membela keponakannya, Vincent, yang memiliki masalah dengan Joey Zasa bahkan menggigit telinganya di depan mata Michael.

Kepala Bank Vatican, Uskup Agung Gilday, berada dalam masalah keuangan dan meminta bantuan Michael yang menyetujuinya dengan syarat dia mendapat saham mayoritas di Immobiliare, perusahaan real estate internasional. Berita ini menyebar dengan cepat dan Don Altobello, pimpinan mafia New York, ingin menanamkan investasinya di perusahaan ini beserta anggota komisi lainnya.

Di depan anggota komisi, Michael menyatakan jika dia mundur dari bisnis judi dan membagikan seluruh saham beserta keuntungannya kepada seluruh anggota komisi sebelum menjual seluruh aset judinya. Hal ini tidak disukai oleh Zasa yang tidak mendapat bagian apa-apa dan mengirimkan helikopter yang menembaki seluruh anggota komisi. Tapi Michael berhasil lolos dengan bantuan Vincent.