New York, tahun 2044. Leo dan Casey berada di pertempuran melawan bangsa alien yang merusak kehidupan di bumi. Dalam kondisi terdesak, Leo mengirim Casey kembali ke masa lalu dengan menggunakan portal waktu yang dibuat oleh Mikey dengan tenaga terakhirnya. Leo meminta Casey untuk menemukan kunci pembuka pintu dimensi Krang sebelum jatuh ke tangan pihak yang jahat.

New York, tahun 2022. Setelah Leo memecahkan rekor Donnie dalam membawa pizza melewati jembatan, Kura-Kura Ninja berusaha menghentikan pencurian sebuah artefak yang dilakukan oleh Warren Stone dan Hypno-Potamus. Namun, karena aksi solo Leo yang bergerak tanpa rencana membuat barang curian itu jatuh ke tangan The Foot Clan. Casey berusaha menemukan lokasi Kura-Kura Ninja dengan menemui April O’Neill yang sedang beraksi di Eastland University.

April berusaha mencari bukti akan adanya eksperimen kimia rahasia di laboratorium kampus itu. Setelah membekuk Casey yang mengagetkannya, April membawa Casey ke markas Kura-Kura Ninja dimana dia memberitahu mereka tentang kejadian di masa depan dan alasan kedatangannya. Splinter kemudian menceritakan kisah legenda tentang para pendekar mistik yang dahulu menghalangi niat Krang dan bangsanya untuk menguasai dunia.